現在は、公益性を判断するため、総収入に占める寄付金の割合が「3分の1以上」あることが、税優遇の条件とされている。しかし、NPO団体などから基準が厳しすぎるとの指摘が出ていた。実際、国や都道府県認証の特定NPOが9千弱あるのに対し、国税庁が税優遇の対象に認定しているのは、2001年10月の制度開始以来、わずか10団体にとどまっている。
　財務省は寄付金割合の基準を「5分の1以上」に緩和すれば、寄付した人が税優遇を受けられる団体が増え、寄付を集めやすくなると期待している。
　ただし、この基準緩和は2003年4月から2006年3月末までの認定申請を対象とする時限措置である。
　現行制度では、複数の市区町村で活動していることも税優遇の条件だが、この基準は廃止される。

・NPOの収益事業から本業の公益事業への支出を寄付金とみなし、所得の2割までを非課税とする。

　省庁が認可する公益法人には、年間所得の20％までの非課税措置がある。それに対し、NPOは国税庁が認可した団体でも適用されておらず、不公平との指摘が出ていた。
　収益事業の利益を一部非課税で公益事業で使えるようになれば、本来の活動の支援につながる。また、収益事情の利益に課税されるNPO自身の法人税負担も軽くなる。